多房棘球绦虫较细粒棘球绦虫略小。成虫长1.3～3.0mm，宽0.28～0.51mm。节片有四五个。头节有吸盘四个。顶突上有两圈小钩，共13～34个，大小不一。卵巢分2叶，位于节片后半中部。子宫弯曲，末端膨大为袋状，或球形，不分侧支，与细粒棘球绦虫妊娠节片内子宫有12～15分支不同，孕节子宫无侧囊，内含虫卵，平均为300个。成熟节片中睾丸数26～36个，较细粒棘球绦虫的睾丸(45～65个)少。生殖孔均在中横线前的侧缘，多为不规则交错开口，也可见一侧性开口。
1.泡球蚴
呈球形，为聚集成群的小囊泡，大小形状不一。囊壁分为内层的生发膜与外层的匀质层，生发膜富含细胞，增生活跃，产生胚芽与原头节。匀质层内无细胞，不含角蛋白，故与细粒棘球蚴角皮层不同。囊腔内含黏稠胶质样液体，并有许多原头节。但人是其非适宜宿主，故泡球蚴囊腔内通常不含原头节。
2.虫卵
圆形或略呈椭圆形，黄色，胚膜呈放射状条纹，内含六钩蚴，与其他绦虫卵不易鉴别。