潜伏期很长，从感染至发病一般在20年或以上。多房棘球蚴病病程长，具隐袭进行性特点。早期无临床症状，仅在肝脏B型超声波普查时发现。
1.肝多房棘球蚴病
患者就诊时主要症状为上腹隐痛或(与)肿块。根据临床表现可分为：
(1)单纯肝肿大型 临床症状视病变部位与大小而异。肝右叶顶部为好发部位，肝脏背后内侧向上肿大，抬高膈肌，有时肝脏肋下未能扪及。腹痛可放射至右肩背部。病变位于肝左叶者，病种早期即出现上腹肿块，易于发现。患者一般情况视病程长短、肝内病变范围大小而异。轻者一般情况尚好，重者肝脏整叶或两叶均有广泛病变，患者有乏力、消瘦等全身症状。
(2)梗阻性黄疸型 泡球蚴病变累及肝门，压迫胆总管引起梗阻性黄疸。黄疸为进行性，常伴有皮肤瘙痒、食欲减退等消化道症状。
(3)巨肝结节型或称为类肝癌型 主要表现为上腹部肿块，局部隆起。肝左右叶均极度肿大，分别在助缘下与剑突下10cm左右，质硬，表面可扪及多个大小不等结节。肝脏B超与CT扫描检查可见肝整叶大部被破坏，而另一叶呈显著代偿性增大，后者质度较软。
2.肺多房棘球蚴病
肺部病变可由肝右叶病变侵袭横膈后至肝，或因血运转移引起。临床症状以小量咯血为主。少数患者并发胸腔小量积液。
3.脑多房棘球蚴病
主要临床症状为局限性癫痫或偏瘫，但视病变部位而异。颅脑CT扫描可见颞叶或(和)枕叶蜂窝状低密度病灶。脑型患者均伴有明显肝与肺多房棘球蚴病。