1.胃运动功能障碍
如果胃运动功能发生障碍，食物在胃内滞留，不能及时将其顺利排入十二指肠，必然导致消化不良。
2.胃十二指肠轻度炎症
据普查发现，在非溃疡性消化不良患者中，有1/3～l/2的人证实胃有慢性浅表性炎症，约1/5的人有十二指肠炎。
3.幽门螺杆菌(Hp)感染
在半数以上的非溃疡性消化不良患者的胃黏膜中，可检出Hp。
4.精神因素
非溃疡性消化不良患者多数存在焦虑、抑郁、心绪不宁和疑病症(特别是恐癌症);少数有失眠、精神紧张、说话夸张等神经症状，患者常把自己的病形容得非常严重，似乎后果不堪设想，致终日忧心忡忡。精神因素能通过自主神经系统，影响胃肠道的运动、分泌及供血等，最终导致非溃疡性消化不良的发生。