1.心理及精神治疗
当患者得知自己患了非溃疡性消化不良时，既要把心胸放宽，不要惊恐和紧张，又要积极地配合医生坚持进行正规的治疗。虽然非溃疡性消化不良在短时间内较难彻底治愈，但它不会出现严重的不良后果，更不会发展为胃癌。病情严重的患者还可在医生的指导下选用调节精神的药物，如阿米替林、多虑平、马普替林(路滴美)、氟西汀、氯米帕明、氟哌噻吨美利曲辛片(黛力新)、谷维素、芬那露和柏子养心丸等。
2.胃肠促动力药物主要包括
①吗丁啉(又名多潘力酮)：该药能增强胃肠的蠕动，促进胃的排空，从而可以调节或恢复患者胃肠道的正常活动，使食物能够顺利地进入十二指肠，这对于消除由非溃疡性消化不良产生的症状有一定疗效。②伊托必利：该药具多巴胺D2受体阻滞和乙酰胆碱酯酶抑制的双重作用，通过刺激内源性乙酰胆碱释放并抑制其水解而增强胃与十二指肠运动，促进胃排空，并具有中度镇吐作用。③胃复安(又名灭吐灵)：该药是一种老的胃肠推动药。非溃疡性消化不良患者在没有吗丁啉和伊托必利时亦可选用此药。
3.对症治疗
①非溃疡性消化不良患者若出现上腹痛可选用颠茄片、阿托品或654-2等药物进行治疗;②若出现腹胀、嗳气症状可选用二甲基硅油或消胀片等药物进行治疗;③若出现恶心、呕吐症状可选用维生素B6;④若出现烧心、反酸症状可选用抗酸剂，如复方氢氧化铝(胃舒平);率碳酸镁(达喜)等;H2受体拮抗剂，如雷尼替丁、法莫替丁;质子泵抑制剂，如奥美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑、埃索美拉唑等药物进行治疗。