1.急性中耳炎
婴幼儿及儿童分泌性中耳炎应与急性中耳炎相鉴别。急性中耳炎治疗不彻底或迁延不愈可转换为分泌性中耳炎。多病程较短，患者可有剧烈耳痛、耳流脓等症状，分泌性中耳炎多病程较长，多以耳闷为主要症状，耳痛呈间断性，较轻，甚至无耳痛表现。
2.鼻咽癌或鼻咽部占位性病变
典型的鼻咽癌早期症状可为涕中带血、颈部包块。但有些患者耳部症状先于上述症状，癌肿在鼻咽部的黏膜下潜行，鼻内镜检查在早期不易发现。对于单耳分泌性中耳炎，特殊地区患者，应高度警惕。
3.慢性化脓性中耳炎合并中耳胆脂瘤
松弛部穿孔被痂皮覆盖，耳鼓膜紧张部显示鼓室积液，此类患者应仔细检查松弛部，必要时行颞骨的高分辨率CT，以除外中耳胆脂瘤。
4.粘连性中耳炎
主诉为听力减退和闷胀感，检查鼓膜与鼓岬粘连以资鉴别。
5.鼓室硬化
属慢性中耳炎的后遗病变。主诉听力下降和耳闷胀感。一般病史较长，有中耳炎病史。鼓膜可以完整，鼓室内大量硬化症包裹听骨链，影响声能传导。颞骨CT或手术探查可以明确诊断。
6.胆固醇肉芽肿
患者主诉听力减退和耳闷胀感。但耳科检查可见鼓膜呈蓝色，颞骨CT提示鼓窦入口狭窄，可有骨质破坏。手术探查及病例检查可以明确诊断。
