原发性肺球孢子菌病一般不需要治疗。免疫功能低下的轻症患者可口服酮康唑，症状较重迁延不愈或有播散高危因素患者，可给予两性霉素B或酮康唑治疗以防播散和慢性化。慢性进行性球孢子菌肺炎，用两性霉素B每天0.5～0.7mg/kg或隔天1mg/kg，静脉注射至病情初步控制，常需10～12周，以后减为1mg/kg3次/周总量≥30mg /kg。酮康唑可以改善症状但停药后可能复发，一般可用400mg/d，根据临床反应和毒性反应，逐渐增至10～20mg/kg，疗程3～6个月或更长。粟粒样肺球孢子菌病一经诊断，应立即用两性霉素B剂量快速达到每天0.4mg/kg以上，合并脑膜炎患者，需加用鞘内注射。氟康唑亦有一定疗效。对重症、播散型患者，综合治疗有助于改善病情可用转移因子(TF)等。肺球孢子空洞持续6个月以上伴有反复咯血继发感染或高危患者(糖尿病)的症状性空洞，可行外科手术治疗。