(1)抗生素 对于急性期肝局限性炎症，脓肿尚未形成或多发性小脓肿，应给以积极的内科保守治疗。在治疗原发病灶的同时，使用大剂量抗生素和全身支持疗法，控制炎症，促进炎症的吸收。
(2)抗生素+经皮穿刺引流 在全身使用抗生素的同时，对于单个较大的肝脓肿可在B超引导下穿刺吸脓，尽可能吸尽脓液后注入抗生素至脓腔内，可以隔数日反复穿刺吸脓，也可置管引流脓液，同时并冲洗脓腔并注入抗生素，待脓肿缩小，无脓液引出后在拔出引流管。
(3)抗生素+外科引流 对于较大的肝脓肿，估计有穿破可能，或已穿破并引起腹膜炎、脓胸以及胆源性肝脓肿或慢性肝脓肿，在全身应用抗生素的同时，应积极进行脓肿外科切开引流术。
(4)抗生素+外科切除 对于慢性厚壁肝脓肿和肝脓肿切开引流后脓肿壁不塌陷、留有死腔或窦道长期流脓不愈合、以及肝内胆管结石合并左外叶多发性肝脓肿，且肝叶已严重破坏、失去正常功能者，可行肝叶切除术。
2.阿米巴性肝脓肿、真菌性肝脓肿
阿米巴性肝脓肿及真菌性肝脓肿治疗，首先考虑内科保守治疗，全身使用抗阿米巴药物及抗真菌药物，其他治疗原则与细菌性肝脓肿基本相同。
