组织学上对梭形细胞类肉瘤作鉴别时应考虑以下瘤种。
1.骨原发恶性纤维组织细胞瘤 纤维肉瘤主要为单纯肿瘤性成纤维细胞成分，但恶性纤维组织细胞瘤的特点是除存在肿瘤性成纤维细胞外还同时有肿瘤性组织细胞，后一种成分异形性显著，分化更差。
2.骨原发平滑肌肉瘤(LMS)与横纹肌肉瘤(RMS) 这两种肿瘤多见于软组织，原发于骨极为少见，其外形均属梭形，但LMS细胞短肥，核更卵圆形，两端平齐如同雪茄烟。Masson trichrome特染肌原红染，而纤维肉瘤中胶原纤维为绿染可鉴别。Mallory PTAH特染，平滑肌(-)，横纹肌可见蓝黑色横纹。用电镜及免疫组化法可进一步帮助鉴别。
3.骨成纤维性纤维瘤 分化较好的纤维肉瘤有时需与骨成纤维性纤维瘤鉴别，但前者仍可找到异形细胞及核分裂相，后者为良性肿瘤，虽然临床上显示局部侵袭性生物行为，但组织学上呈良性。