1.非化脓性脑膜炎 因为不论是结核性、病毒性、真菌性和其他病原体所引起的非化脓性脑膜炎也会出现发热、头痛及脑膜刺激症，所以应进行鉴别。非化脓性脑膜炎的脑脊液细胞反应多为淋巴细胞，而化脓性脑膜炎的脑脊液中细胞增多以多形核白细胞为主，加上糖含量降低和乳酸脱氢酶增高可排除非化脓性脑膜炎。
2.机械、化学、中毒性脑膜损害以及癌性脑膜病 这些情况也会出现与化脓性脑膜炎类似的临床表现，但通常根据详细的病史、原发病的确定，对疾病转归的观察以及试验性治疗等可使诊断得以澄清。
3.出血性脑血管病 出血性脑血管病，特别是蛛网膜下腔出血往往突然发病，也可有发热、头痛及脑膜刺激症等，但腰椎穿刺脑脊液呈血性可证实诊断。
