患者应按肠道传染病隔离，控制饮食。合并细菌感染时应给予抗生素。对确诊患者和高度怀疑本病者应给予抗病原体药物治疗。
1.甲硝唑 为目前治疗本病首选药物。成人200mg/次，3次/d，连服5～7天，疗效可达90%以上。儿童15～20mg/(kg·次)，3次/d，连服5～7天。一般服药3天粪中原虫即可转阴，症状逐渐消失。常见毒副作用有口腔金属味感、恶心、倦怠、嗜睡等。服药期间应禁酒，孕妇及哺乳期患者禁用。
2.呋喃唑酮 成人100mg/次，3次/d或4次/d，疗程7天;儿童5～10mg/kg体重，分4次口服，疗程同上。疗效可达80%左右。
3.阿苯达唑(albendazole) 成人250mg/次，2次/d;儿童50～100mg，2次/d，均连服3天，疗效可达90%～100%，是一种很有前途的抗蓝氏贾第鞭毛虫药物。
4.吡喹酮(praziquantel) 成人600mg/d，2次/d，连服3天。也可20mg/kg体重，3次/d，连服2天。本药治疗效果尚待进一步研究确定。国外尚有人采用替硝唑(tinidazole)、尼莫唑(nimorazole)、国内则有苦参浸膏片用于本病治疗，疗效均在90%以上。