急性扁桃体炎的危害性往往大于急性扁桃体炎本身，由于抗生素的应用，其并发症于经济发达地区已明显减少。急性扁桃体炎的危害可分为局部(危害)并发症和全身(危害)并发症。
1.局部并发症，较容易引起，为急性炎症直接侵犯临近组织所致。
(1)颈深部感染扁桃体周围脓肿：较常见，且慢性扁桃体炎反复急性发作者更易发生。炎症因扁桃体隐窝阻塞而向扁桃体深部发展，直至穿透扁桃体被膜，进入扁桃体周围间隙，形成蜂窝织炎，继而形成脓肿。小儿因为扁桃体隐窝较表浅，被膜较厚且致密，不易发生扁周脓肿。该并发症多发生于单侧，两侧同时发生者极少。可表现为患急性扁桃体炎3～4天后，全身症状如发热仍持续或继续加重，一侧咽痛加剧，吞咽时尤甚，疼痛常向患侧耳部或牙齿放射。再经2～3日后，疼痛更剧，因不敢吞咽致口腔内唾液潴留，甚至外溢，言语含糊不清。因炎症浸润翼内肌，常有张口明显受限，不能进食。患者头偏向患侧，颈项呈假性强直。同侧颌下淋巴结常肿大疼痛。脓肿形成后可见扁桃体周围有明显的局限性隆起。
(2)咽后脓肿及咽旁脓肿炎症波及咽喉间隙或咽旁间隙，引起相应区域的脓肿形成。二者均可引起喉水肿等严重的并发症，故一旦发生，应高度重视。
(3)其他急性扁桃体炎向上蔓延可引起急性中耳炎、急性鼻炎及鼻窦炎;向下可引起急性喉气管炎、急性支气管炎、甚至可引起肺炎，颈内静脉血栓性静脉炎等。
2.全身并发症，其发生与各靶器官对链球菌所产生的Ⅲ型变态反应有关。
(1)急性关节炎常侵犯肩、肘及膝关节，小关节受累较少。受累关节运动时感疼痛，仅当并发风湿性关节炎时方出现关节肿胀。
(2)肾脏疾病如急性链球菌感染后肾小球肾炎及IgA肾病。前者多发生于急性扁桃体炎发作后2～3周，后者则常发生于发作后3～5天。另外，还可并发急性尿道炎、急性睾丸炎及附睾炎等。
3.风湿热
其症状常发生于急性扁桃体炎发作后1～3周后，也可发生于急性炎症期。
4.循环系统疾病
可引起急性心包炎、急性心内膜炎、急性心肌炎或急性全心炎。在急性扁桃体炎后出现风湿热者，心脏并发症尤为多见。
5.其他
脓毒血症、亚急性甲状腺炎、急性腹膜炎、急性阑尾炎或急性胆囊炎等。
