常规须与上呼吸道感染、急性咽炎、急性喉炎、急性鼻炎、扁桃体周围脓肿、智齿冠周炎、扁桃体肿瘤继发感染等鉴别。特殊病例，譬如急性隐窝性扁桃体炎，还须与某些全身疾病引起的咽峡炎相鉴别，如传染性单核细胞增多症、白血病、粒细胞缺乏症、猩红热、咽白喉、流行性出血热等。
急性扁桃体炎： 咽痛剧烈，咽下困难, 两侧扁桃体表面覆盖白色或黄色点状渗出物。渗出物有时连成膜状，容易擦去。 下颌淋巴结肿大，有压痛。 全身情况呈急性病容、高热，寒战。化验室检查，涂片： 多为链球菌、葡萄球菌，血液检查白细胞明显增多
樊尚咽峡炎： 单侧咽痛 咽部所见一侧扁桃体覆盖灰色或黄 色假膜，擦去后可见下面 有溃疡。牙龈常见类似病变。 颈部淋巴结患侧有时时 肿大 ，全身症状较轻化验室检查，涂片:梭形杆菌及樊尚螺旋菌 ，血液检查：白细胞略增多。
单核细胞增多性咽峡炎： 咽痛轻， 扁桃体红肿，有时盖有白色假膜，易擦去， 全身淋巴结肿大，有腺性热之称 高热、头痛，急性病容。有时出现皮疹.肝脾肿大等。 化验室检查，涂片： 阴性或査到呼吸道常见细菌。血液： 异常淋巴细胞、单核细胞增多可占50%以上。血 清嗜异性凝集试验(+ )
粒细胞缺乏症性咽峡炎： 咽痛程度 咽部所见坏死性溃疡，上面覆有深褐色假膜，周围组织苍白、缺血。软腭、牙龈有同样病变 。颈部淋巴结无肿大 ，脓毒性弛张热，全身情况迅速衰竭。 化验室检查，涂片： 阴性或査到一般细菌血液： 白细胞显著减少，中性粒细胞锐减或消失
白血病性咽峡炎： 一般无咽痛 ，咽部早期为一侧扁桃体浸润肿大.继而表面坏死，覆有灰白色假膜，常伴有口腔黏膜肿胀，溃疡或坏死。 全身淋巴结肿大， 急性期体温升高，早期出现全 身性出血，全身衰竭。化验室检查，涂片： 阴性或査到一般细菌。血液： 白细胞增多，分类以原始白细胞和幼稚细胞 为主
