急性血源性骨髓炎过去死亡率很高(约25%)，但由于近年来对此病有进一步的认识，早期诊断和积极治疗，适当抗菌药物与综合疗法的应用，死亡率已大为降低(约2%)。
由于骨骼感染引起骨质破坏，形成死骨，常转为慢性化脓性骨髓炎，甚至发生各种并发症，影响功能。常见的并发症为：
(一)化脓性关节炎。
(二)病理骨折。
(三)肢体生长障碍，如骨骺破坏，肢体生长长度受影响，患肢变短;或因骨骺附近炎症，血液供给丰富，使骨骺生长较快，患肢反而稍长。有时亦因骨骺部分受累，形成畸形生长，如膝内翻或外翻等。
(四)关节挛缩及强直。
(五)外伤性骨髓炎常因感染而有骨折延迟连接和不连接，以及关节活动受限等。
(六)若在急性期未能进行及时有效的治疗，或细菌毒力强，可并发败血症或脓毒血症，严重者可危及患者生命。
(七)骨髓炎复发的危险性与感染的部位及发病后是否得到及时有效的治疗等因素有关：位于跖骨的骨髓炎复发率可高达50%，涉及股骨近端，胫骨近端和远端的干骺端的骨髓炎复发率为20%～30%。而腓骨远端、上肢骨与脊柱的炎症感染则预后较好，易于痊愈。儿童急性骨髓炎经治疗一年后的复发率为4%。
