1.卵巢全部切除
如出血多，患侧卵巢破坏严重，对侧正常，剖腹探查时常做患侧卵巢切除。
2.卵巢楔形切除
如出血不多，剖腹探查时见病变仅累及部分卵巢，可做病变部的楔形切除卵巢余部缝后，术后监测血β-HCG水平，如下降迟缓说明可能尚有部分绒毛组织残留，可用MTX治疗。
3.药物治疗
腹腔镜检查证实为卵巢妊娠未破裂，可直接向卵巢孕囊内注射MTX保守治疗，若在术前已诊断卵巢妊娠而未破裂者，亦可在B超引导下向孕囊内注射MTX，亦可作MTX的全身治疗。惟治疗期间用血β-HCG监测，如有破裂，内出血较多，仍需手术治疗。卵巢妊娠的治疗以手术为主。手术时应尽量保留卵巢组织，可根据病灶的大小范围行卵巢妊娠病灶切除术，卵巢楔形病灶切除术或部分卵巢切除术。如卵巢破坏严重，可行附件切除术。一般不主张单纯卵巢切除而保留同侧输卵管这样可致孕卵外游走，发生输卵管妊娠的机会增多。对于术前诊断的尚未破裂的卵巢妊娠可在B超介导下胚囊内注射杀胚药物，如甲氨蝶呤、前列腺素、氟尿嘧啶等作保守治疗，但疗效不确切，治疗期间仍有发生破裂的可能此时仍需手术治疗。