本病应与风湿热、类风湿病、鼠咬热、病毒性心肌炎等病鉴别，血清学试验有助于鉴别诊断。
1.风湿热 该病有发热、环行红斑、关节炎及心脏受累等，可依据血清溶血性链球菌抗体，包括抗链球菌溶血素“O”、抗链球菌激酶、抗透明质酸酶及抗M球蛋白抗体等增高，C反应蛋白阳性及病原学检查等有助鉴别。
2.类风湿性关节炎 该病为慢性自身免疫性疾病，有对称性多关节炎，从小关节开始，以后累及大关节。血清中类风湿因子及抗类风湿关节炎协同抗原抗体(抗RANA抗体)阳性，关节腔穿刺液找到类风湿细胞及X线检查等，一般可以鉴别。
3.鼠咬热 该病由小螺菌及念珠状链杆菌所致，有发热、皮疹、游走性关节痛、心肌炎及中枢神经系统症状等易与莱姆病混淆。可根据典型的EM、血清学及病原学检查等进行鉴别。
4.病毒性心肌炎 该病在上呼吸道感染、腹泻等病毒感染后3周内出现心脏表现，并重度乏力、胸闷、头昏(心排血量降低所致)，心尖第一心音明显减弱、舒张期奔马律、心包摩擦音、心脏扩大、充血性心力衰竭或阿-斯综合征等。另在急性期可从心内膜、心肌、心包或心包穿刺液中检测出病毒、病毒基因片段或病毒蛋白抗原等有助鉴别。