1.肾结核 本病可有发热、尿路刺激及脓尿等症状，与肾盂肾炎相似。但肾结核时膀胱刺激症状十分明显而持久。尿沉渣涂片可找到抗酸杆菌，尿细菌培养结核菌阳性等可资鉴别，必要时作静脉肾盂造影，如发现肾实质虫蚀样破坏性缺损则对诊断肾结核有助。
2.慢性肾小球肾炎 如有水肿、大量蛋白尿则鉴别不难。肾盂肾炎的尿蛋白量一般在1～2g/d以下，若大于3g则多属肾小球病变。但本病与隐匿性肾小球肾炎较难鉴别，后者尿常规中有较多红细胞，而肾盂肾炎则以白细胞为主。此外，尿培养，长期观察患者有无低热、尿频等症状亦有助鉴别。晚期肾炎继发泌尿系感染，鉴别困难，此时可详细询问病史，结合临床特点加以分析。
3.下尿路感染 上、下尿路感染的处理与预后不同，故定位诊断十分重要。当肾盂肾炎的高热等全身症状和腰痛、肾区叩痛等肾脏表现不明显时，临床易误为下尿路感染。尿沉渣抗体包裹细菌阳性有助于诊断肾盂肾炎。必要时可做膀胱冲洗灭菌法尿培养，若膀胱冲洗灭菌100min后留取膀胱尿菌数较少，提示膀胱炎，如灭菌前后菌数相似，则为肾盂肾炎。
临床上有一种称为尿道综合征，好发于中年女性，以尿频、排尿不畅为主要表现，常被误认为不典型慢性肾盂肾炎而长期盲目应用抗菌药物治疗甚至造成不良后果，必须予以鉴别，本征患者尿白细胞也可增多，但尿菌培养阴性可资鉴别。