西医治疗：
1.普通型流脑的治疗
(1)抗菌治疗：根据当地耐药情况选用。
①磺胺类药：SMZ-TMP(SMZ 0.4g，TMP 0.08g)每次3片，每日2次;儿童每日按SMZ50～80mg/kg，分2次口服或肌注或静注。复方磺胺嘧啶(SD 0.4g，TMP 0.08g)每次4片或4支，每日2次;儿童按每日SD75～100mg/kg计算，分2次口服或肌注或静注。疗程5日。可同时给予等量碳酸氢钠，保证每日入量，尿量在1500ml以上，注意查尿常规及血白细胞等检查。
②青霉素G：成人每日1200万U，儿童每日20～30万U/kg，分3～4次加入10%葡萄糖或生理盐水100ml(儿童液体酌减)于1小时内静脉滴完，疗程3～5日。
③氯霉素：如对青霉素过敏者可改用。成人每日2～3g，小儿每日40～80mg/kg，分4次口服或静滴，疗程3～5日。注意复查血象。
④氨苄青霉素：每日100～150mg/kg，分3～4次静滴或肌注。适用于难以确定病原菌的患者。
⑤三代头孢菌素类：该类药物抗菌谱广，杀菌力强，对β-内酰胺酶稳定，副作用小。适用于对青霉素G耐药菌株、儿童及病原不明的脑膜炎患者。常用者为头孢三嗪，成人每日2～4g，儿童100mg/kg一次静滴;头孢噻肟钠成人每日6～8g，儿童150～300mg/kg，分3～4次静滴，疗程4～7日。主要缺点是价格昂贵，患者经济负担较大。
⑥耐药菌株感染的治疗：脑膜炎球菌对青霉素G耐药菌株主要为B群和C群，对绝对耐药者(MIC≥250μg/m1，由细菌产生β内酰胺酶所致)，可改用氯霉素和三代头孢菌素类;而相对耐药者(MIC为0.16～1.28μg/m1，由细菌的青霉素结合蛋白分子结构发生改变所致，而不产生β内酰胺酶)，加大青霉素G剂量仍然有效。
(2)减轻脑水肿，降低颅内压：由于细胞因子参与了脑膜炎的炎症过程，如何抑制或消除这些因子的致病作用是提高治愈率的重要辅助措施。动物实验及临床观察均证实，病程早期CSF和血清中细胞因子水平即明显上升，抗菌治疗则可使其进一步增高，而大剂量地塞米松治疗可显著降低TNFα、IL-Iβ及PGE2的浓度，减轻脑水肿，降低颅内压,增加脑血流及改善脑代谢，促进脑代谢的恢复，降低病死率，减少后遗症等。故应与抗生素同时或稍前应用地塞米松，特别是首次应用抗生素时更应如此。常用剂量为0.6mg/kg，静脉滴注，每日1次，疗程2～4日。另外，消炎痛等非激素类抗炎药物有抑制花生四烯酸转化成PGE2，阻止脑水肿发展的作用，亦可使用。
(3)一般治疗：
①按呼吸道传染病隔离，予流质、半流质饮食。
②高热时用物理降温或安乃近滴鼻。
③恶心、呕吐时可用冬眠灵或胃复安，并防止吸入。
④惊厥可用安定静脉注射，或用苯巴比妥钠，复方氯丙嗪,10%水合氯醛等。
2.重症流脑败血症的治疗
(1)抗菌治疗：此期因外周组织灌注不足，故必须采用静脉内给药，以青霉素G或氯霉素为首选，剂量同前。
(2)抗休克治疗：
①扩充血容量及纠正酸中毒：首批液体儿童15～20m1/kg，成人400～500m1，为2：1等张液(2份生理盐水，1份1.4%碳酸氢钠)于1小时内静脉推入，继续补液根据病情选用低分子右旋糖酐、5%碳酸氢钠、生理盐水、10%葡萄糖液、人血白蛋白等，总量儿童60～80m1/kg，成人2000～2500m1。重症酸中毒者首批液体亦可用5%碳酸氢钠5ml/kg静脉推入，以后再依二氧化碳结合力、pH值等酌情补充。
②血管活性药物的应用：在扩充血容量和纠正酸中毒的基础上，可酌情选用山莨菪碱，儿童0.5～1mg/kg，成人40mg，静脉注射， 10～15分钟1次。如无山莨菪碱，也可用阿托品代替，剂量每次0. 03～0.05mg/kg。一般经数次注射后，如面色红润，微循环改善、尿量增多，血压回升，即可延长给药时间,减小剂量并逐渐停用。如用10次左右仍无效则改用多巴胺每分钟2～20μg/kg; 或与间羟胺(阿拉明)、异丙肾上腺素联合应用。
③强心药的应用：如经前述处理休克仍无好转，中心静脉压反而上升者、应用西地兰或毒毛旋花子甙K快速洋地黄化。
④肾上腺皮质激素的应用:可选用氢化可的松每次2～4mg/kg，1日3～4次或地塞米松，剂量同前。
⑤抗DIC治疗：若休克经综合治疗后不见好转，出血点即使未见增加，也应考虑有DIC存在，应作有关凝血及纤溶的检查，并开始肝素治疗。若皮肤淤点不断增多，且有融合成淤斑的趋势，不论有无休克，均可应用肝素。首次剂量为1.5mg/kg，静脉推注或置于100m1溶液内缓慢静滴，以后每4～6小时静滴1mg/kg一次，疗程一般为1～2日。使用肝素时应作试管法凝血酶原时间测定，控制在正常值的2倍左右(15～30分钟)。治疗中若出现严重出血，应立即静推硫酸鱼精蛋白，后者lmg可中和1mg (125U)肝素。重症休克时纤维蛋白溶酶增多，使血管内纤维蛋白溶解而加重出血，故处理大片出血的患者，可于肝素化后给予6-氨基己酸，剂量为4～6g，置于100ml葡萄糖溶液中静滴。于30分钟内滴完。
3. 重症流脑脑膜脑炎的治疗
(1)抗菌治疗：同重症流脑败血症。
(2)脱水疗法：以甘露醇为主，每次1～2g/kg。根据情况每4～8小时静脉快速滴注或推注一次，至呼吸、血压恢复正常、瞳孔等大及其他颅内高压症状好转为止。脱水时应适当补充液体、钾盐等，以保持轻度脱水状态为宜。甘露醇可与速尿40～100mg合用，亦可与50%葡萄糖交替使用，每次40～60m1。
(3)亚冬眠治疗：氯丙嗪和异丙嗪各1～2mg/kg，肌注或静注，安静于枕后、颈部、腋下，腹股沟放置冰袋，使体温降至36℃左右，以后4～6小时再肌注一次，共3～4次。
(4)肾上腺皮质激素：地塞米松用法及剂量同前。
(5)呼吸衰竭的处理：可用洛贝林、可拉明等;亦可用东莨菪碱0.02～0.04mg/kg，静脉注射，每10～30分钟一次。保持呼吸道通畅并给氧，必要时行气管插管或气管切开，进行辅助人工呼吸。
4.慢性败血症的治疗抗菌治疗为主。如有脑脓肿时应行引流治
中西医结合治疗：
1.应用收剑剂：本病初期可涂龙胆紫溶液或涂1%惶绿酒精或涂氧化锌糊剂和抗生素眼膏，以加速其干燥促进结痂形成，缩短病程。
2.抗感染：局部应用抗生素眼膏的同时，全身应用抗生素，防止继发感染。
3.治疗原发病：应积极治疗原发病，加强营养，增强体质;同时可加眼抗病毒口服液、板蓝根冲剂等凉血解毒的中成药。