西医病因：
慢性扁桃体炎主要病变在隐窝中，当急性扁桃体炎反复发作或窝内引流不畅，细菌存入窝中，使隐窝粘膜受损，上皮增厚、溃疡、使渗出物、白细胞、细菌等混合而变成干酪样物，溃疡愈合时则形成瘢痕，小窝中引流不畅时则形成脓肿或囊肿。一般患急性传染病，如流感、麻疹、白喉等可引起慢性病变。鼻腔及鼻窦感染也能并发慢性扁桃体炎。
发病机理：发病机制尚不清楚，一般认为是免疫反应下降。另有一种看法是一种自身的变态反应，即积存于扁桃体隐窝中的微生物长期刺激引起的免疫复合物型变态反应。这是近些年来免疫学观点。
中医病机：
本病多由风热乳蛾演变而来，由于风热乳蛾反复发作，或治疗不彻底，邪热伤阴，肺肾之阴液不足，咽喉失于濡养，加之虚火循经上炎，结于喉核而为病，正如《石室秘录》所说："阴蛾之证，乃肾水亏乏，火不能藏于下，乃飞越于上……乃结成蛾"。
病理： 慢性扁桃体炎的病理变化，早期主要是扁桃体组织内淋巴组织增生,并伴巨噬细胞、网状细胞或纤维细胞的浸润，因此，扁桃体较肥人。扁桃体隐窝内侧积有由脱落的上皮与炎性渗出、白细胞、细菌等混合而成的干酪样物。病变后期，因扁桃体间质内纤维结缔组织增生，收缩，使扁桃体体积缩小。
