1.药物治疗
药物治疗效果不明显，尤其是有明显胆汁呕吐者。但药物治疗可能解除某些暂时的症状，消除较轻的临床表现，并且可使医生在一个时期内对病人进行连续性观察和判断，有利于手术方案的确定。
(1)胆盐吸附剂 传统的有效药物是氢氧化铝，可非特异性地吸附胆盐和溶血卵磷脂等可能有毒性的物质。消胆胺是一种阴离子交换树脂，能与反流胃内的胆酸结合后排出体外，减少胆酸对胃黏膜的损伤，从而减轻症状。同类药物降脂Ⅱ号、Ⅲ号树脂国内有生产，现主要用于高胆固醇血症的治疗，二者的作用原理同消胆胺，亦可用于本症的治疗，由于药物味道不好及引起继发性便秘使病人很难耐受，致使应用受限。
(2)促进胃排空的药物 常用药物是胃复安和马叮啉，能提高残胃收缩的频率和强度，调整胃窦部与十二指肠球部的运动，因而有促进胃排空作用，可减少胆汁反流量，减少十二指肠内容与胃黏膜接触的时间。
(3)戒烟 吸烟可增加胆汁反流，故患者应戒烟。静脉营养可减少胆汁和胰液的分泌，临床治疗2～4周后，胃镜及活体组织复查，胃炎有明显好转，对体质衰弱、营养不良者尤为适宜，并可作为术前准备之用。
2.手术治疗
药物治疗无效和症状持续1年以上者可考虑手术治疗。手术的主要目的是防止十二指肠内容与胃接近或接触，这个目的几乎肯定能实现。采用何种手术纠正方式，取决于原先施行的手术和外科医师的经验。
(1)Roux-en-Y胃空肠吻合 这是目前认为最有效的手术方法，为了保证十二指肠内容流入空肠而不能逆流到胃，新的输入袢空肠入口应在胃肠吻合口下50cm处。以前施行过迷走神经切断术和幽门成形术后发生胆汁手术后反流性胃炎者，再手术包括半胃切除和结肠前Roux-en-Y胃空肠吻合术。手术后胆汁反流经Roux-en-Y转流，残胃内的泌酸细胞会出现再生，继续分泌胃酸，此时的胃酸再分泌和失去碱性液的中和，可引起胃肠吻合口边缘性溃疡。因此，即使术前检查胃酸缺乏或无酸，加作迷走神经切断仍属必要。
(2)Henley氏襻 是将一段空肠插入胃与十二指肠之间(Henley氏襻)，适用于毕氏Ⅱ式胃空肠吻合后胆汁手术后反流性胃炎。输入的空肠襻在近胃侧分离、胃端封闭。输出襻在远离胃20厘米处分离，这20厘米的输出空肠段与十二指肠残端吻合，从而改造重建了胃与十二指肠的连接。将来自十二指肠的近端输入襻与输出空肠襻的远端吻合，恢复了屈氏韧带以下的小肠连接。