美克尔憩室也可伴发其他畸形，如脐膨出、肠旋转不良、肠闭锁、肠重复畸形以及先天性心脏病等，有文献报道其发生率可达8.4%。文献报道本症发生并发症者占15%～30%，并发症可发生于任何年龄，10岁以前占半数。常见有肠梗阻、憩室溃疡出血、憩室炎或穿孔、憩室疝等并发症。