主要症状有吞咽困难、反流呕吐、胸部不适或疼痛。大多数病人来就医前很长时间就有症状，从几天至多年不等。症状开始时可能不明显并缓慢进展，亦可突然发生，偶可无症状，仅在胸部常规X线检查及检查呼吸道时偶然发现。
1.吞咽困难最常见的症状是吞咽固体及流质食物困难。开始时，症状间歇发作，逐日有变化，情绪紧张、快速进食或饮食的冷热可使症状加重。以后每餐甚至每次吞咽时均可出现吞咽困难。病人可自行做不同动作而解除吞咽困难，如大量饮液体、用力咽空气或站着进食等。症状有间歇期。因进食困难，造成心理障碍，只愿单独进食。
2.反流呕吐比咽下困难发生较晚，常在进餐中、餐后或卧位时发生。发病早期在进餐中或每次进餐后反流呕吐出少量刚进的食物，此可解除食管阻塞感觉，随疾病的进展，食管容量亦有增加，反流呕吐次数很快减少。反流出大量未经消化及几天前有臭味的食物。当食管扩大明显时，可容纳大量食物及液体，仰卧位时即有反流呕吐。尤其是夜间反流呕吐时可发生阵发性咳嗽及支气管误吸，发生呼吸道并发症，如肺炎、肺脓肿及支气管扩张等
3.胸部不适或疼痛为严重自发性胸骨下疼痛，可向下颌、肩及臂放射，持续几分钟至几小时，常发生于疾病早期，尤其是严重失弛缓症病儿，并不一定与进食有关。测压检查发现有高振幅收缩，可能是与食管肌发生痉挛有关。有些疼痛可因进食太快或食物卡在食管下端括约肌部时发生。对长期患病食管扩张已呈S状的疼痛症状就不大明显。
4.体重下降及贫血均因吞咽困难而影响进食，并与进食的质及量有关，可发生于疾病的任何时期，但很少因饥饿而发生死亡者。营养不良还可出现维生素缺乏症及贫血。
