脑脓肿的发生率和死亡率仍较高,在抗生素应用前,死亡率高达60%～80%。20世纪40～70年代,由于抗生素的应用和治疗方法的提高,死亡率降为25%～40%。CT应用后,死亡率降低不显著,仍为15%～30%,这与本病(特别是血源性)早期难被发现有关。
当病人来就诊时,脓肿已属晚期。一般手术死亡率与术前病人意识情况有关,清醒者为10%～20%,昏迷者为60%～80%。在各类脑脓肿中,血源性脓肿的预后较其他为差,其中尤以胸源性与心源性为显著。小儿的预后比成人差,抗药菌株引起的脓肿较其他细菌引起者为差。另外,原发灶根除与否,也是关系着预后的一个因素。
各种疗法都可能有不同程度的后遗症,因此脑脓肿的处理应防重于治。防止和减少耳、鼻部慢性炎症性疾病,尽早彻底治疗耳、鼻部化脓性炎症,以及胸腔和其他部位的感染病灶,对开放性颅脑损伤应及时彻底清创,去除异物,是减少颅内脓肿的有效措施。