早期病例应与某些发热待查疾病相鉴别，首先应该提高对本病的认识。中期应与淋巴性甲状腺炎、甲状腺囊肿出血鉴别。晚期病例应与甲状腺癌和纤维性甲状腺炎鉴别，需靠组织活检明确诊断。
此外，需与CLT、Graves病和AST鉴别。根据甲状腺有无疼痛、甲状腺功能状态、自身抗体的RAIU检测进行区别。但在病程后期，鉴别较困难。甲状腺自身抗体明显升高者，需考虑CLT可能;有时需待甲状腺肿与甲状腺功能异常消失方能做出SAT诊断。若患儿呈非疼痛轻度甲状腺肿大、无乏力等全身不适，实验室检查发现血清甲状腺激素与RAIU分离，红细胞沉降率正常或呈轻度升高，应考虑无痛性SAT。该型SAT血清TGA常可阳性，又可伴甲状腺功能亢进表现，故也应与CLT和Graves病鉴别。
