原因主要有以下几种：
1、心理因素：情绪紧张，忧愁焦虑，注意力高度集中于某一工作，或精神上受到惊恐等强烈刺激，导致皮层和植物神经紊乱，引起便意消失;专家介绍肛裂、肛门直肠周围脓肿、痔疮等患者因恐大便疼痛、出血、脱出，常控制排便，延长排便间隔时间;抑郁性精神病和癔病，结肠过敏等，均可引起习惯性便秘。这些心理因素，是形成便秘的主要原因。
2、胃肠道运动缓慢：缺乏B族维生素，甲状腺功能减退，内分泌失调，营养缺乏等，可影响整个胃肠蠕动，使食物通过缓慢，形成便秘。
3、肠道运动亢进;促进肠蠕动亢进的副交感神经异常兴奋时，可导致肠运动异常，出现痉挛性收缩，可引起便秘或腹泻交替进行，排出被痉挛的结肠切割成的如羊粪一样的硬便。
4、肠道受到的刺激不足:饮食过少或食物中纤维素和水分不足，肠道受到的刺激量不足，不能引起结肠、直肠的反射性蠕动，结果食物残渣在肠内停留过久，水分被充分吸收，大便干燥，排出困难。西方流行的精神饮食多含有高营养物质，但缺乏纤维素，一次食用量很少，所以容易因肠道受到的刺激不足发生便秘。
5、排便动力缺乏:手术损伤了肛门部肌肉，年老体弱，久病或产后，致使膈肌、腹肌、提肛肌收缩力减弱，使排便动力缺乏，粪便不易排出，发生便秘。
6、肠壁的应激性减弱:腹泻之后，肠壁内神经感受细胞为对抗腹泻，保持正常生理，常可应激性降低排粪活动引起便秘。长期使用刺激性泻药也可减弱肠壁的应激性，导致便秘加重。
原因病理
习惯性便秘原因，还是属于功能性的肠胃障碍，也就是找不到身体上实质的病变，多起因於紧张，压力大，肠胃蠕动失调，或者有便意忍便，形成恶性循环，导致习惯性便秘。
习惯性便秘，又称功能性便秘。习惯性便秘常见于原发性肠蠕动功能异常，大便蠕动输送延缓或巨结肠等。
习惯性便秘常见原因：
1、饮食组成不良：如米面过于精细，食量过少，食用含粗纤维特别是不消化纤维的蔬菜、水果、粮食过少，油脂太缺，饮水不足等。
2、排便习惯不良：有便意时不及时排便，抑制便意。习惯排便时看书，不积极排便。依赖泻药排便或滥用泻药，使肠道排出敏感性降低。
3、生活起居无规律，每日排便无定时，睡眠不足或久睡不起。长途旅行或因工作繁忙(如空中小姐)未养成按时排便习惯。
