该疾病缺少特异性临床表现，也与重复的部位相关。可表现为腹痛、腹部包块、反复暗红血便或鲜红便，并可出现不同程度的贫血症状。
1.胸腔内消化道重复畸形
可压迫呼吸道引起呼吸窘迫，压迫食管产生梗阻症状，甚至发生穿孔和出血，出现呕血、便血或脓胸。
2.胃重复畸形
上腹部有饱胀感，呕吐不含胆汁，右上腹肋缘下可扪及囊性包块。
3.回肠重复畸形
大的球形囊肿压迫肠道引起肠梗阻，腹部可扪及圆形或椭圆形、光滑的囊性包块，有一定的活动度，囊腔内积液增多致使囊壁紧张时出现疼痛及压痛，肠壁肌层内小的球形囊肿常导致肠套叠。有些重复畸形可使附着的肠段发生肠扭转而致肠坏死。常产生溃疡，出现呕血或便血，溃疡穿孔时出现腹膜炎症状。
4.结肠重复畸形
临床症状较轻，压迫肠管可发生低位肠梗阻症状，伴出血时呈鲜红色血便。常伴发重复输尿管、膀胱、阴道、尿道及直肠肛门畸形等。
5.直肠重复畸形
早期即出现排便困难，排便时有肿块从直肠内脱出者，为直肠球状重复畸形的特征，直肠指检时于直肠后可扪及囊性肿块。