消化道重复畸形有呼吸窘迫、肠梗阻、肠套叠、消化道出血、穿孔等并发症，均需手术治疗，手术方法视畸形的情况而不同：
1.单纯重复畸形切除术
适用于与食管不相通又无粘连的食管重复畸形，或少数来自后腹膜或悬挂于分离的肠系膜上的球形畸形。
2.重复肠管与其依附的正常肠管切除术
适用于大部分小肠、结肠重复畸形及部分胃重复畸形，因为多系同一血管供应。
3.开窗式内引流术
适用于十二指肠重复畸形，即将重复畸形与相邻的十二指肠壁部分切除，使两者互相勾通，简单易行，效果满意。
4.中隔部分切除术
适用于管状重复畸形及部分胃重复使双腔变为单腔，有利于肠腔内容物通畅排出。