小肠瘘的临床表现因不同部位、不同病因而异，而且瘘形成的不同时期亦有不同表现。
一般于胃肠道手术后2～7天，病人主诉不适，腹胀，胃肠功能未恢复，体温持续在38℃以上，脉搏每分钟>100次，白细胞计数增高。表现为恶心、呕吐，无肛门排便、排气，或大便次数增多，但量少，为水样稀便，解便后仍感腹部不适。腹部体征呈腹腔感染、腹膜炎、肠麻痹表现。腹部切口红肿，为典型的切口感染。当切口穿破后可排出脓血性液体，24～48h后流出大量液体，即肠液。经引流后，病人发热和白细胞计数增高等症状可有所好转。
由于丢失大量肠液，可造成严重的水、电解质失衡，甚至出现低血容量性休克。病人不能进食，加上营养补充又困难，很快出现体重下降、消瘦，表现为营养不良。病人又可并发脓毒血症和(或)败血症，以致多器官功能衰竭而死亡。如引流通畅，感染得到控制，一般情况好转，又能及时有效地补充营养，瘘口可自行关闭。
另由于大量肠液自瘘口流出，因此瘘口周围皮肤往往潮红、糜烂，呈湿疹样改变。
引流量的多少，对于估计瘘位置的高低很有价值。一般讲，高位小肠瘘引流量多而质稀薄，内含胆汁及胰液，而低位小肠瘘的引流物较少且质稠。切口筋膜裂开的引流液较清，多发生于术后2～5天。因此，发生时间有助于鉴别切口筋膜裂开还是早期肠管破裂。
