本病临床表现、脑脊液常规、影像学特点等与结核性脑膜炎极为相似，两者鉴别需依靠病原学证据。另外，还应与病毒性脑炎、脑脓肿、颅内肿瘤、脑猪囊尾蚴病(囊虫病)等相鉴别。
其他脑部真菌病还有曲菌病(aspergillosis)和毛真菌病(mucormycosis)，也应注意鉴别。
1.曲菌病(aspergillosis) 系由曲霉菌引起的一组慢性真菌病。曲菌作为一种条件致病菌，广泛存在于自然界及人类皮肤黏膜表面。本病呈慢性或亚急性起病，少数免疫功能严重低下者可急性起病，主要表现为脑脓肿所致颅内占位性病变症状，常有发热、头痛、恶心、呕吐、癫痫发作。此外，依不同感染途径及脓肿的形成部位，出现不同的局灶性症状，如偏瘫、失语、共济失调、精神异常、视野缺损等，严重者可因脑疝而死亡。
颅脑CT或MRI常显示单发或多发性脑脓肿、脑梗死、出血性梗死等改变。原发感染部位分泌物如痰液、鼻涕、脓液等直接涂片或培养，可找到菌丝及孢子，但不能作为确诊依据，因这些部位正常可有曲霉寄生。血清或脑脊液PCR检测曲霉菌DNA，对早期诊断有重要意义。病理学检查发现病变组织菌丝及孢子最有确诊意义。
2.毛真菌病(mucormycosis) 是由毛霉目真菌引起的一种少见的致死性真菌病。主要侵犯鼻、脑、肺、胃肠道及皮肤，严重者可经血行播散至全身，其中以脑毛真菌病最常见。糖尿病酸中毒为主要诱发因素，其次见于免疫缺陷性疾病、大量应用抗生素、免疫抑制药、器官移植等患者。感染常始发于鼻甲、鼻旁窦或咽部，引起蜂窝织炎，进一步侵犯眼眶至脑、脑膜;亦可侵入局部血管，经颈内动脉而至脑部。
本菌一旦侵入脑内，迅速引起脑炎、脑膜炎。多呈急性起病，少数呈亚急性或慢性。早期表现为鼻塞、头痛等类鼻窦炎症状，后出现发热、单侧面部肿胀、疼痛，鼻腔内有暗红色分泌物流出。侵及眼部引起眼睑水肿、眼球突出并活动受限，瞳孔散大、视力下降甚而失明。脑神经常受累，以第V、Ⅶ脑神经损伤最多见，出现周围性面瘫、面部麻木、角膜反射消失。动脉血栓形成可致偏瘫、失语等，部分出现脑膜刺激征、头痛、呕吐、意识障碍。晚期多因颅内压增高致脑疝而死亡。
颅脑CT或MRI显示脑脓肿、脑梗死、鼻窦混浊、骨质破坏、少数呈脑出血等改变。感染部位分泌物如脓血涕直接涂片镜检或培养，可发现毛霉菌。组织病理学找到病菌最有确诊意义。
