1.多呈亚急性或慢性起病，少数急性起病。各年龄段均可发病，20～40岁青壮年最常见。
2.首发症状常为间歇性头痛、恶心及呕吐，伴低热、周身不适、精神不振等非特异性症状。随病情发展，头痛渐加重转为持续性、精神异常、躁动不安，严重者出现不同程度意识障碍。
3.约半数以上伴脑神经受损，以视神经最常见，其次为第Ⅷ、 Ⅲ、Ⅶ、 VI 脑神经。部分出现偏瘫、抽搐、失语等局灶性脑组织损害症状。
4.脑膜刺激征为早期最常见的阳性体征，晚期可出现眼底水肿、锥体束征等。
有长期大量应用抗生素、免疫抑制药及免疫低下性疾病如AIDS、淋巴瘤、白血病、器官移植等病史，亚急性或慢性进展的头痛、喷射性呕吐、脑神经受损及脑膜刺激征，脑脊液蛋白定量增高、氯化物及葡萄糖降低者，应考虑本病。
临床确诊需在脑脊液中找到新型隐球菌，由于其检出率受病灶部位、病程发展阶段等影响，故对可疑或久治不愈反复发作的脑膜炎，应反复作脑脊液墨汁染色、培养或动物接种以寻找病原。通常墨汁染色阳性率较低，故需尽早应用脑脊液乳胶凝集(LA)或抗原酶联免疫测定法检测隐球菌抗原，以提高早期诊断率。
