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与系统性红斑狼疮相关的获得性循环抗凝血酶原抗体产生而造成的凝血酶原减少也应予以鉴别,在这些患者中特异性抗体与凝血酶原结合导致后者快速的清除,形成真正的获得性低凝血酶原血症。其次与凝血因子的缺乏,如血友病,也需要进行鉴别,通过性凝血因子的检查即可明确。