本病临床上应与以下眼病鉴别：①霰粒肿,常见于儿童或青年，睑结膜面为紫红色，而非黄色颗粒样组织;②麦粒肿，病程很短，有急性炎，红、痛等症状，一般在数天内穿破流脓;③一般性睑缘结膜炎，睑缘结膜增生、浸润不明显，睑结膜面无黄色颗粒样组织。皮脂腺癌可引起单侧慢性睑结膜炎，故对中、老年人，眼睑结节或非典型睑缘结膜炎，应及时切除活检。
病理学诊断应鉴别的是：①鳞状细胞癌，分化好者可见细胞间桥，角化不良细胞和角珠等，无皮脂腺样细胞;②基底细胞癌，起源于表皮的基底样细胞，无皮脂腺样细胞，异型性较小，核分裂少;③原位癌，起源于表皮内的棘细胞，并非皮脂样细胞。