菌痢应与多种腹泻性疾病相鉴别，中毒性菌痢则应与夏秋季急性中枢神经系统感染或其他病因所致的感染性休克相鉴别。
1.急性菌痢 需与下列疾病鉴别。
(1)阿米巴痢疾。
(2)其他细菌性肠道感染：①空肠弯曲菌肠炎：发达国家的发病率超过菌痢而接近于沙门菌感染，上海地区报道认为系仅次于菌痢的肠道多发病。发病季节及年龄与菌痢相似，有发热、腹痛、腹泻或有脓血黏液便。少数人可有家禽或家畜接触史，依靠临床表现和粪便镜检常难鉴别。需采用特殊培养基在微需氧环境中分离病菌。②大肠杆菌感染：有些大肠杆菌能侵袭肠壁，能引起像志贺菌感染所致病变，有发热及黏液便;有些能产生耐热或不耐热肠毒素，能引起稀水样大便。主要鉴别均需依靠大便培养分离并鉴定致病菌型。
(3)细菌性食物中毒：鼠伤寒沙门菌、变形杆菌肠道感染都可引起腹泻，特别是副溶血弧菌肠道感染可引起血水样便。后者多见于沿海地区，多有进食被污染的海产品史，可以集体发病。腹痛显著，少数有里急后重，粪便培养在4%氯化钠胨水或4%氯化钠琼脂平板，可获阳性结果。
(4)急性肠套叠：多见于小儿。婴儿肠套叠早期无发热，因腹痛而阵阵啼哭，发病数小时后可排出血黏液便，镜检以红细胞为主，腹部可扪及包块。
(5)急性坏死性出血性小肠炎：多见于青少年。有发热、腹痛、腹泻及血便。毒血症严重，短期内出现休克。大便镜检以红细胞为主。常有全腹压痛及严重腹胀，大便培养无志贺菌生长。
(6)中毒性菌痢：发病季节、年龄及高热、惊厥等均和流行性乙型脑炎相似，但是中毒性菌痢病势凶猛，早期出现休克和(或)呼吸衰竭，用生理盐水灌肠后检查粪便可发现脓细胞。乙型脑炎病情发展略缓，常在发热数天后进入昏迷或呼吸衰竭，休克少见，脑脊液检查有阳性发现。由于金葡菌败血症或革兰阴性杆菌败血症引起的中毒性休克。患者常有原发病灶如疖、痈等，或胆囊、泌尿道感染，血培养阳性。后期X线可以发现血源性金葡菌肺炎等可与中毒性菌痢鉴别。
(7)流行性乙型脑炎:本病表现和流行与菌痢(重型和中毒型)相似，后者发病更急，进展迅猛、且易并发休克，可以温盐水灌肠并做镜检及细菌培养。
本病尚应与病毒性肠炎等相鉴别。
2.慢性菌痢应和下列疾病相鉴别：
(1)直肠癌与结肠癌：结肠癌或直肠癌易合并肠道感染，当癌肿患者有继发感染时可出现腹泻及脓血便。所以凡是遇到慢性腹泻患者，不论何种年龄，都应该常规肛指检查和乙状结肠镜检查，对疑有高位肿瘤应行钡剂X线检查或纤维结肠镜检查。
(2)血吸虫病：可有腹泻与脓血便。有流行区接触疫水史，常伴肝大及血中嗜酸粒细胞增多，粪便孵化与直肠黏膜活检压片可获得阳性结果。
(3)非特异性溃疡性结肠炎：为一种自身免疫病，病程长，有脓血便或伴发热，乙状结肠镜检查肠黏膜充血、水肿及溃疡形成，黏膜松脆易出血。血清中有对肠黏膜上皮细胞的脂多糖抗体，常伴其他自身免疫性疾病表现，抗菌痢治疗常无效。