痢疾的潜伏期长短不一，最短的数小时，最长的8天，多数为2～3天。由于临床表现和疾病经过不同，医学家将痢疾分为普通型痢疾、中毒型痢疾和慢性痢疾。
1.普通型痢疾
绝大多数痢疾属普通型。因为痢疾杆菌均可产生毒素，所以大部分患者都有中毒症状，起病急，恶寒、发热，体温常在39℃以上，头痛、乏力、呕吐、腹痛和里急后重。痢疾杆菌主要侵犯大肠，尤其是乙状结肠和直肠，所以左下腹疼痛明显。患痢疾的孩子腹泻次数很多，大便每日数十次，甚至无法计数。由于直肠经常受到炎症刺激，所以患儿总想解大便，但又解不出多少，这种现象叫里急后重。里急后重现象严重的可引起肛门括约肌松弛。腹泻次数频繁的孩子可出现脱水性酸中毒。对痢疾杆菌敏感的抗生素较多，绝大多数患者经过有效抗生素治疗，数日后即可缓解。
2.中毒型痢疾
近年来中毒型痢疾有减少趋势。此型患者多是2～7岁的孩子。由于他们结肠黏膜对痢疾杆菌产生的毒素反应强烈，微循环发生障碍，所以中毒症状非常严重。多数孩子起病突然，高热不退，少数孩子初起为普通型痢疾，后来转成中毒型痢疾。患儿萎靡、嗜睡、谵语、反复抽风，甚至昏迷。休克型表现面色苍白，皮肤花纹明显，四肢发凉，心音低弱，血压下降。呼吸衰竭型表现呼吸不整，深浅不一，双吸气、叹气样呼吸、呼吸暂停，两侧瞳孔不等大、忽大忽小，对光反射迟钝或消失。混合型具有以上两型临床表现，病情最为凶险。中毒型痢疾患者发病初期肠道症状往往不明显，有的经过一天左右时间才排出痢疾样大便。
3.慢性痢疾
慢性痢疾婴幼儿少见，多因诊断不及时、治疗不彻底所致，细菌耐药，患儿身体虚弱，病程超过2个月。慢性痢疾患儿中毒症状轻，食欲低下，大便黏液增多，身体逐渐消瘦，预后不好。
各型菌痢大便在显微镜下检查可见大量白细胞、脓细胞、红细胞和吞噬细胞，大便可培养出痢疾杆菌。