目前没有足够的资料提供一个为大家所接受的区别正常尿路真菌群和真菌感染的标准。
1.通常判断尿路真菌感染的界限是：导尿作真菌定量培养≥1万/ml菌落数，则常为真菌性尿路感染。而未经沉淀的新鲜导尿标本镜检，10个视野平均有真菌1～3个/HP者，则相当于菌落数≥1万/ml，就有诊断意义，其正确性为80%;真菌在室温时分裂繁殖很慢，其分裂期通常在5h以上，故受检尿液可放置时间较长而不会增加真菌数目。
2.Schonebeck认为，在男性的清洁中段尿标本或女性的导尿标本中，凡真菌培养阳性都意味着尿路真菌感染。念珠菌以酵母菌和真菌丝两种形式存在于尿中，有人认为真菌丝的存在意味着入侵，但仍有争议。血清抗念珠菌抗体(血清沉淀素、凝集素等)的测定有助于诊断，肾念珠菌感染的患者血清沉淀素的阳性率为83%，但有约10%的假阳性。
3.真菌尿路感染，可由血源播放，亦可由上行感染。如果感染仅局限于泌尿系统，则多为上行性，故真菌性阴道炎，肠道真菌感染者，均易伴有尿路真菌感染。
4.膀胱镜、经皮肤尿道活组织取材有助于诊断。