本病可无症状而仅有脓尿，亦可呈典型尿路感染表现，甚至发生肾功能衰竭。存在系统性真菌感染者，常有发热、寒战等全身症状。尿路真菌病有以下几个类型：
1.肾盂肾炎型 其临床表现与细菌性肾盂肾炎相似，可表现急性或慢性，主要有2 种形式：一是多发性肾皮质脓肿;二是集合管或乳头弥散性真菌浸润，可有乳头坏死。此两种形式常同时出现，常伴真菌球形成。
2.膀胱炎型 女性多见，常继发于细菌性膀胱炎治愈后。主要症状有尿频、尿急、夜尿、尿液混浊或血尿，偶有气尿(因尿中念珠菌对尿中糖的发酵所致)，有时在膀胱内可见大的真菌球、肉芽肿形成。
3.输尿管梗阻型型 由真菌球引起。真菌球移行至输尿管，可发生肾绞痛，若双侧输尿管完全梗阻则出现无尿，肾盂积液等。
4.肾乳头坏死型 临床表现同一般肾乳头坏死，由于乳头坏死脱落，IVP 可见多个不规则的小空洞。
5.瘘管型 有报道皮炎芽生菌、组织胞浆菌、新型隐球菌尿路感染可出现膀胱结肠瘘管、尿路皮肤瘘管。