目前还没有治疗念珠菌性尿路感染的统一方法，现在临床采用的措施有以下几种：
1.消除易感因素 这是预防和治疗真菌性尿感的最好方法，如避免长期使用抗生素、免疫抑制药、解除尿路梗阻，控制糖尿病等使机体抵抗力下降的疾病，尽量减少导尿及长期保留尿管等。
2.碱化尿液 因真菌在酸性尿中繁殖迅速，故应给予碳酸氢钠口服，每次1.0g，3次/d，以碱化尿液，造成抑制真菌生长的环境。
3.药物治疗 常用有效药物是两性霉素B、氟胞嘧啶(5-FC)、氟康唑、伊曲康唑。给药途径包括局部及全身应用。
(1)局部应用：对导管相关性的念珠菌性UTI，拔除导尿管换为三通管，注入两性霉素B 50mg/L冲洗膀胱，1次/d，持续7～10天;治疗的成功率在75%以上。如能同时消除其他因素，如高三酰甘油血症、皮质激素的应用、广泛抗生素的应用等其成功率会更高。 也可经尿道插管，用制霉菌素200万U/L，每6小时1次，直至尿真菌转阴。适用于膀胱真菌感染。
(2)全身应用：轻症病例可口服氟胞嘧啶(5-FC)，剂量150mg/(kg·d)，连服1～3个月，由于其95%由肾排出，故对肾真菌感染疗效好。也可用氟康唑(200mg/d)、伊曲康唑(400mg/d)。对于播散真菌感染的重症病例，或局灶感染持续不消退者，可用两性霉素B，静脉滴注0.1mg/(kg·d)开始，渐增加至1mg/(kg·d)，药液应避光缓慢地滴入，耐受性差者可酌减剂量;临床疗效差者可酌加剂量;病情严重者，每天剂量可用至60mg，病情稳定后再改用25～35mg/d。本药有损肾作用，在肾衰时，宜按肌酐清除率减量使用。在用药过程中，应每周测血肌酐和血尿素氮1次，一旦出现药物肾损害应及时停药或换药。停用抗真菌药指征：治疗过程中，应每周验尿1次，连续两次尿标本无菌或尿路造影证实充盈缺损消失时方能停止抗真菌治疗。
4.转移因子 近年来有介绍转移因子治疗真菌感染，认为有调整机体免疫功能作用。