1.外科治疗 胰腺结石病例和难治性疼痛及合并假性囊肿时进行手术治疗，此外肿瘤形成性胰腺炎和胰腺癌不能鉴别时也要进行手术治疗。肿瘤形成性胰腺炎中含有自身免疫性胰腺炎，这个类型的胰腺炎多，明显的胆管狭窄，不能抑制的黄疸，胰腺无法切除时，可行胆管空肠吻合术。
2.内镜治疗 急性期由于胰腺炎症末端胆管变细，胆汁流出不畅，在内镜下进行内造瘘术和外造瘘术，改善肿大的胰腺。
3.药物治疗 急性期对急性胰腺炎要给予治疗，禁食，高热量静脉输液，抗胰酶制剂治疗。在缓解期，药物可静脉和口服交替使用，如出现腹痛等临床症状可应用镇静药。胰腺进行性萎缩时胰腺的外分泌功能低下，可给消化酶治疗。
慢性胰腺炎一般不用类固醇激素治疗，但是，当有其他自身免疫性疾病和自身免疫性胰腺炎时，类固醇治疗是有效的。一般经口服给药，从每天30～40mg开始，观察治疗症状反应，每间隔2周左右逐渐减量到每天5mg为适当。40mg开始时，初次可减10mg。疗效是腹痛的减轻和胰酶的降低，逐渐减量和低剂量维持是为了防止再燃和复发。
在AIP的组织形态改变中，从高度的淋巴细胞浸润的角度考虑，如果确诊，常在抗胰酶剂治疗的同时给类固醇激素治疗。也有不使用类固醇激素而自行改善的病例。因此，不是所有病例都一律使用类固醇激素治疗，有症状的比较短期的治疗是有效的，也有经过长时间胰腺正常状态的病例，但是临床经验以胰腺萎缩病例多。
AIP是以高度的淋巴细胞浸润和纤维化为特征改变的，急性期可见胰腺肿大，最终胰腺胞进行性破坏，细胞脱落而导致萎缩凹陷，可在比较短的时间发生萎缩，不萎缩的病例与病期和病情有关。因此，在非萎缩期应有预防的措施。为抑制胰腺内的免疫反应连续使用类固醇激素治疗。究竟能否阻止萎缩，需要累积更多的病例才能得出正确的评价。
