纯净水存在的缺点有：
1. 纯净水在加工的过程中，会去除一些有益的矿物质元素，如镁元素、铁元素、锌元素、硫元素、磷元素以及钙等。
2. 纯净水的水源，是从井水到经过多道工序去除杂质的，所以水源较为复杂，不一定能够符合标准。
3. 纯净水没有“生命力”，无法再生产出其他的水产品，如矿泉水、湖水等。
4. 纯净水因为水的电导率在1-50μS/cm之间，因此水很容易产生一些细菌，如果没有安装净水器，很难保证家庭用水的清洁度。
5. 长期饮用纯净水会导致身体营养不良，还会增加糖尿病、脑血栓、心脏病等患病几率。
6. 纯净水经过了离子交换树脂加工，因此水中的氯原子会被置换掉，从而影响肠道功能。