食用穿心莲对多种疾病有防治作用，包括感冒、肺炎、急性胃肠炎、流行性感冒、菌痢、尿路感染、疟疾、高血压、糖尿病等。原因在于穿心莲含有多种黄酮类化合物、酚类、氨基酸、甾体、挥发油等，这些物质具有抗炎、抗菌、抗氧化、保护心脑血管、抗心律失常、抗血小板、抗肿瘤、消炎、解毒、消肿等多项生物活性作用。
另外，穿心莲还含有穿心莲内酯，这是一款广谱抗菌消炎剂，对革兰阳性和阴性菌都有抑制作用。
