药流孕囊应该由医疗机构进行处理，不能随意处理或丢弃。原因如下：
1. 安全问题：药流孕囊中可能含有残留的药物和细菌，如果随意处理或丢弃，可能会对环境和人体健康造成危害。
2. 法律问题：药流孕囊属于医疗废物，需要按照相关法规进行处理，否则可能会涉及到违法问题。
3. 环保问题：药流孕囊中的化学物质和细菌可能会对环境造成污染，因此需要进行专业的处理和处置，保护环境。
综上所述，药流孕囊应该由医疗机构进行处理，采取合适的方法进行处置，确保安全、合法和环保。
