小耳畸形是由于胚胎发育过程中耳部结构形成不完整或异常引起的。具体原因可能包括：
1. 遗传因素：某些基因突变或遗传疾病可能会导致小耳畸形。
2. 胚胎发育异常：胚胎发育过程中出现异常，如胚胎早期发生某些病毒感染、药物或毒素暴露等，可能会影响耳部结构的正常形成。
3. 外伤或手术：耳部受到外伤或手术操作不当，可能会导致小耳畸形。
4. 其他因素：如母体在怀孕期间吸烟、饮酒、营养不良等，也可能会影响胚胎发育，从而导致小耳畸形的发生。
