本病的治疗主要是手术,如只有肛膜遮盖者,可行前后纵切口或十字切开,将薄膜剪去,再用食指伸入扩张；如有纤维带者,可将其纤维带切除；如肛膜较厚者,可切开皮肤和直肠,将直肠粘膜下牵,与皮肤缝合.术后扩肛,每周2～3次,直至肛门无狭窄为止.
由于肛门闭锁是先天直肠肛门发育不良造成的,出生后通过手术人造肛门,其局部的肛门括约肌不会象正常人那样健全,或是括约肌薄弱无力,或是括约肌缺失.所以,术后大多数孩子在有肛门狭窄的同时,又伴大便失禁,尤其是稀便控制不住,经常有粪便污染内裤.另外,由于手术时将直肠粘膜直接与肛门皮肤缝合,而没有一段“肛管”,所以还常伴有肠粘膜外翻,外翻的肠粘膜受到摩擦和粪便污染后会出现炎症反应,可有粘液血便,肛周皮肤出现湿疹等现象.因此,这类孩子在生活护理上一定要勤洗勤换,积极治疗其并发症.对先天性肛门闭锁的治疗,均以手术为主.对瘘口很小,生后即有排便困难的病例,则可在新生儿期行转流性肠造口.若瘘口与阴道口似相距很近则在4～5岁后再作肛门成形术.如果阴道瘘口较大,粪便排出通畅不必早期手术,至3～5岁时手术较为合适.
各种类型的先天性肛门直肠畸形者均需手术治疗。但根据畸形的不同类型，瘘管的大小等可有不同的手术时间和手术方式。手术的目的是恢复有正常控制能力的排便功能。直肠阴道瘘由于成因复杂、种类繁杂、手术后感染、复发率高，再将手术难度较大，要达到一次成功，术式的选择是极其重要的。直肠阴道瘘
对于先天性肛门畸形、直肠阴道瘘者应注意：①手术方式与操作方法；②直肠末端游离是否充分；③避免严重感染；④充分松解直肠粘膜末端达缝合无张力。
肛门闭锁合并低位直肠阴道舟状窝瘘：对瘘口很小，生后即有排便困难的病例，则可在新生儿期造口。若瘘口与阴道口似相距很近则在4～5岁后再作肛门成形术。如果阴道瘘较大，粪便排出通畅不必早期手术，至3～5岁时手术较为合适。
对于后天性直肠阴道瘘，特别是医源性直肠阴道瘘者应慎重选择手术时机，切忽因患者迫切要求而立即手术。手术应等待所有炎症消退、瘢痕软化，在受伤或已行修补术后3个月后进行。如果瘘管大要等待6个月。同时所有炎症一定要做适当引流。
低位锁肛：常规消毒，不用局麻也可，只要将会阴部皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可以治愈。②高位锁肛：一是切开骶尾部和腹部，把直肠盲端拖至会阴做成肛门。
二是先在腹部作一个人工肛门，等小儿长到1～2岁，再作切开腹部或骶尾部的直肠肛门吻合术。
三是用自动间歇电磁吸引治疗锁肛。即作乙状结肠造瘘(即人工肛门)后，把适当的圆柱状铁块(直径在约0.5cm)送入直肠盲段，然后用间歇性磁力吸引装置在体外肛门部位进行吸引，使直肠由高位逐渐下降到低位时，再作低位切开肛门成形术。该方法创伤小，并发症少，肛门失禁等后遗症较少。
③肛门直肠狭窄：对肛门直肠狭窄的新生儿，不可采用手术方法。只需每天做持续扩肛即可，一般不会有后遗症。
不管怎么样，这种事需要手术治疗的，今早手术，要不然粪便拍不出来会引起一系列的问题。一定去正规医院就诊。
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