Barrett食管与胃食管反流病及食管腺癌损伤食管黏膜的鳞状上皮，在损伤组织的修复过程中，如果由化生的柱状上皮取代了受损食管黏膜的鳞状上皮即形成了Barrett食管。研究表明Barrett食管不仅与GERD的症状出现有关，而且与症状持续时间亦有关，持续时间越长则Barrett食管发生率越高。

大量研究表明Barrett食管是发生食管腺癌的最主要因素。研究证实，Barrett食管患者患食管腺癌的危险性是正常人的30―60倍。发现食管腺癌中Barrett食管的发生率为100%。胃灼热的频率越高，与食管腺癌的相关性越大，胃灼热持续时间>20年与食管腺癌的发生明显相关，但与食管鳞癌或食营胃连接部腺癌无关。因而慢性胃食管反流不仅与Barrett食管有关，与食管腺癌亦有关。