根据临床表现和实验室检查，肝肾综合征的诊断一般并不困难，但需与下列疾病相鉴别：
1.肾前性氮质血症 常有诱因，如心力衰竭和各种原因引起的血浆容量降低等。由于肾血容量灌注不足，可表现为少尿、尿浓缩、比重较高，但尿素氮增高一般较轻，强心药或扩容治疗有明显疗效。肝肾综合征者多有肝病的临床表现和特点，对扩容治疗效果不显著。
2.急性肾小管坏死 正常肾小管功能表现为：对水和钠的重吸收，因此尿钠含量低和尿浓缩;尿溶菌酶的回吸收作用。正常时尿溶菌酶在近端肾小管几乎全部被重吸收，因此尿溶菌酶试验阴性。急性肾小管坏死时，尿比重低，固定于1.010～1.015，尿钠浓度高，一般为40～60mmol/L，尿溶菌酶试验阳性，尿常规检查有明显的蛋白及管型等。肝肾综合征者，少尿伴有尿比重高，而尿钠反低，有助于二者的鉴别。
3.肝病合并慢性肾炎 慢性肾炎既往有浮肿、高血压等病史，氮质血症病程长，尿常规有蛋白、管型及红细胞，尿比重高而固定，尿钠显著增高。这些特点与肝肾综合征有明显差别。
4.肝肾同时受累的疾病 有些疾病可引起肝肾两个脏器同时受损，有学者称之为假性肝肾综合征，以便与真性肝肾综合征相区别。这些疾病包括：
(1)全身性疾病：
①结缔组织病：系统性红斑狼疮、结节性动脉周围炎。
②代谢性疾病：淀粉样变性。
③感染性疾病：急性或慢性病毒性肝炎、脓毒败血症、钩端螺旋体病、黄热病。
④其他：休克、妊娠毒血症、阻塞性黄疸、结节病。
(2)中毒 如四氯化碳、毒蕈、甲氧氟烷(Methoxyflurane)、四环素、链霉素、磺胺类、硫酸铜、铬等引起的中毒性肝炎。
(3)遗传性疾病 如多囊病、先天性肝纤维化、镰形细胞病。
(4)肿瘤 转移性肝、肾及肾上腺肿瘤。
这些疾病都有各自的特点，临床上只要稍作分析，是不难和肝肾综合征相鉴别。
