大多数尿路感染，特别是膀胱炎属自限性疾病。重症病例经治疗后仍持续高热和血白细胞显著增高，应警惕并发症的出现。主要有以下几种：
1.肾乳头坏死 常发生于严重肾盂肾炎伴有糖尿病或尿路梗阻时。可并发革兰阴性菌败血症，或导致急性肾功能衰竭。
2.肾周围脓肿 常由严重肾盂肾炎直接扩展而来。多有糖尿病、尿路结石等不利因素。
3.感染性结石 变形杆菌等分解尿素的细菌所致的肾盂肾炎常可引起肾结石，称为感染性结石。因抗菌药不易到达该处，易导致尿路感染治疗失败。感染加上尿路梗阻，可导致肾实质破坏而肾功能损害。
4.革兰阴性杆菌败血症 多发生于急性尿路感染，特别是使用膀胱镜检或导管后。严重的复杂性尿路感染，特别是并发急性肾乳头坏死者也易发生革兰阴性杆菌败血症。