牙源性慢性上颌窦炎在治疗时，可使用药物疗法、根管治疗、上颌窦根治术等方法。

1、药物疗法：牙源性慢性上颌窦炎可以通过药物疗法进行改善，主要就是给予青霉素类药和糖皮质激素药，另外，还可适当搭配鼻用药物，比如盐酸麻黄碱滴鼻液、盐酸羟甲唑啉喷雾剂等。

2、根管治疗：如果是根尖周炎侵犯牙髓所造成的牙原性慢性上颌窦炎，便需要进行根管治疗，首先应该对局部进行彻底的清洗和消毒，并疏通根管，建立引流通道，然后进行排脓。

3、上颌窦根治术：若以上两种方法效果不佳，便可以进行上颌窦根治术，手术过程当中需要切除上颌窦内的病变，这样可以快速疏通鼻塞、流鼻涕等症状，不过创伤比较大。

此外，还可进行鼻内镜鼻窦术。治疗的过程当中需要注意观察病情变化，定期进行相关的随诊复查。