由于囊虫侵入部位和数量不同，临床症状复杂多样，又因囊尾蚴的发育时期、存活状态的不同，病程长短不一。病情有轻重缓急，可急剧恶化，甚至有猝死者。由于CT、MRI在脑猪囊尾蚴病诊断中的应用，有的起病数小时后影像学已给予明确诊断。有的病程则长达20余年。癫痫发作、颅内压增高和精神障碍是脑猪囊尾蚴病的三大主要临床症状。根据临床症状分为以下几型：
1.癫痫型
占脑猪囊尾蚴病的60%～80%，是脑猪囊尾蚴病最常见的症状，也是导致患者首诊的症状之一。其发作的形式多为大发作，而小发作、局限性发作、精神运动性发作等也较为常见，常在同一病人身上有两种以上不同形式的发作。而且刺激症状较麻痹症状占优势。发作的程度及频度与囊虫的多少、感染时期、机体对囊虫的敏感度及抗囊虫的进程有关。颅内感染囊虫多时，病情严重。机体对虫体反应强烈者，往往癫痫发作较频繁，甚至出现癫痫持续状态，如抢救不及时可危及生命。感染程度不同其癫痫发作的频度差别很大，有的数月发作一次，有的间隔1年或数年发作一次。过度劳累、情绪波动、大量饮酒常为癫痫发作的诱因，而多数患者常无任何诱因而发作。癫痫发作的频度和程度随抗囊虫进程而发生变化。在抗囊虫治疗早期，由于囊虫崩解死亡较多，其毒素刺激及炎性反应较重，可能诱发癫痫发作，甚至较抗囊虫治疗前发作更频繁程度更重。随着治疗进展及对症治疗，癫痫发作逐渐减少、减轻至停止发作。特殊类型的癫痫发作在脑猪囊尾蚴病中也可见到。如头痛性癫痫、腹痛性癫痫，睡眠性癫痫等。
2.高颅压型
高颅压型是脑猪囊尾蚴病各型中临床症状最严重、最复杂、治疗难度也较大的一型。有的为单纯颅内压增高，有的则是合并不同发作形式的癫痫、神经精神症状。该型约占脑猪囊尾蚴病的30%～40%。多数患者起病急骤，常以剧烈头痛、进行性加重或伴喷射性呕吐等脑膜脑炎症状来就诊，病程远较癫痫型为短。发病初期即就诊的患者，其视盘水肿的表现并不明显，随着时间的推移，病情日趋严重，眼底检查视盘边缘模糊，有的可见斑片状出血灶。时间较久常导致视力减退、视神经萎缩以致失明。约有三分之一患者起病并不急骤，呈慢性颅内压增高的表现。幼儿前囟饱满，儿童颅骨变薄、头颅增大，因骨缝尚未闭合牢固，可致骨缝分离。成人则出现脑沟压迹加深，有时还发生蝶鞍扩大和后床突及鞍背骨质吸收的现象，脑CT显示空蝶鞍。
若合并癫痫发作，更使脑组织缺血缺氧，脑水肿加剧，颅内压增高症状更进一步加重。在诊断中除弥漫性脑实质囊虫可致高颅压症状外，脑室系统囊虫则因脑脊液循环通路受阻，造成脑积水而出现剧烈头痛、甚至昏迷。第四脑室有囊虫寄生时可出现强迫头位和颈强直，当急剧转动头位时游离的囊虫突然阻塞脑脊液通路和刺激第四脑室底部，病人当即会出现剧烈眩晕和呕吐，或有呼吸循环障碍，即Bruns综合征。少部分病例因急性延髓受压迫而猝死。
3.精神障碍型
该型多合并癫痫发作或颅内压增高，大都因大脑半球内有密集的囊虫寄生，引起广泛脑组织破坏致后期脑皮质萎缩。起病时以精神异常为首发症状者列为该种类型，约占脑猪囊尾蚴病的10%左右。精神障碍型的症状复杂多变，有的可能仅有一种表现，多数患者有几种精神异常表现，且呈进行性加重，若不及时治疗可发展为痴呆。主要表现为：
(1)记忆障碍 是脑囊虫病患者较为常见的症状，患者不能想起不久前发生的事情，经常会遗失东西，忘记东西放在何处，忘记刚刚谈话的内容，忘记自己孩子的性别年龄等等。严重者造成定向障碍。
(2)思维和判断力障碍 表现为工作能力减退，精神疲惫，言语和动作迟缓，判断力减退等。
(3)性格改变和情感障碍 有的表现精神抑郁，精神淡漠甚至呆滞，少言寡语或易激动、冲动。有的患者则表现为躁狂、喊叫、打人、骂人、出走、梦游等类似精神分裂症的某些表现。有的伴有失语、失认、失用，行为怪异，幻视、幻听也常存在。在未发展为痴呆前，随着抗囊虫和对症治疗，以上症状均渐缓解。轻者仅表现为神经衰弱症状，如失眠、头晕、头胀、记忆力减退等。
4.亚临床型
无明显脑症状，然而客观检查时有明显脑损害表现，如CT或MRI检查脑内确有囊虫寄生，眼底可能有视盘水肿，血及脑脊液囊虫免疫试验阳性，亦可能有绦虫史。
5.混合型兼有两型以上的临床症状和体征。