根据病原菌的致病力可分为致病性真菌和条件致病性真菌。致病性真菌本身具有致病性，条件致病性真菌致病性低，通常不感染正常人，但正常人大量接触后或免疫功能低下者易感染。
深部真菌病是指致病真菌不仅侵犯皮肤、黏膜而且侵犯深入部组织和内脏所致的疾病。真菌广泛分布于自然界，某些真菌可以感染人体而致病。致病真菌分为两大类：①原发病原菌：如组织胞浆菌、新型隐球菌、芽生菌等。②条件致病菌：如念珠菌、曲霉菌、毛霉菌等。深部真菌病常为继发感染，多在糖尿病、血液病、恶性肿瘤、大面积烧伤、严重营养不良或其他慢性消耗性疾病的基础上发病。或长期应用抗生素、糖皮质激素、免疫抑制剂、使机体内菌群失调或抑制了机体的免疫反应而诱发。曲霉菌病是由致病曲霉菌所引起的疾病。致病菌主要经呼吸道心如侵犯肺部，也可侵犯皮肤、黏膜。严重者可发生败血症，使其他组织和系统受累。近年来证明一些曲霉菌可致癌。