对于易发生医源性穿孔的操作，术前要严格禁食，常规应用抗生素有助于改善其预后，诊断一经确立，要立即采取措施，根据不同的基本情况采取内科保守治疗、内镜治疗或者手术治疗。
1.内镜治疗
对于穿孔较小，出血量不大以及周围无明显感染者首选内镜治疗，对食管癌慢性穿孔并发支气管瘘者应当选用带膜金属支架。
2.内科保守治疗
适用于症状较轻，继发感染不明显或者单纯性穿孔者，内科治疗时要注意严密观察生命体征、严格禁食，静脉应用抗生素特别是第三代头孢菌素和新型氨基甙类抗生素、应用强效H2受体拮抗药(如法莫替丁、雷尼替丁等)或质子泵型抑酸剂(奥美拉唑、泮托拉唑等)、肠道外营养，鼻胃管引流有一定的帮助，要注意适当应用止吐药防止穿孔周围继发感染，对于伴有胸腔积液者应在B超引导下穿刺引流。随着抗生素及全胃肠外营养疗法的进展，可选择保守治疗的条件比以前更宽，如下述情况：
(1)新近发生的穿孔或食管壁外周被包裹者。
(2)食管穿孔被充分地包裹在纵隔内或在纵隔和壁层胸膜之间，没有造影剂漏入邻近的体腔。
(3)孔后的液体被充分地引流回食管中，仅伴有轻微的胸膜感染。
(4)在穿孔发生后至就诊时未进食。
(5)穿孔部位无外伤，近端无梗阻性病变。
(6)患者无明显的临床症状。
(7)无明显的败血症症状和明显的生理学改变。
3.外科手术治疗
如果患者出现气胸、全身感染、休克、呼吸衰竭或者内科保守治疗和内镜治疗中病情恶化者要考虑手术治疗，异物穿孔并发大出血并疑有食管-胸主动脉瘘者，内镜检查要格外小心，一旦确诊，要立即手术治疗;手术治疗可分为急诊手术和择期手术两大类：对于颈段食管穿孔、胸段食管穿孔者，急诊手术主要是进行修补和彻底引流;择期手术有食管旷置后食管重建和食管切除后重建两重种。