治疗原则是选用敏感的抗生素杀灭病原体，加强支气管分泌物的引流，改善肺气体交换，加强原发病及营养支持治疗，防治并发症。
1.抗生素治疗
早期选用敏感抗生素是治疗的关键。曾对枸橼酸杆菌有效的抗生素如庆大霉素，卡那霉素，氯霉素，氨苄西林(氨苄青霉素)，羧苄西林(羧苄青霉素)，头孢噻吩，吡哌酸及磺胺药物，现在已发现有耐药现象。近几年来，耐药菌逐年增多，且为多重耐药。特别是医院内获得性感染者耐药现象更常见。枸橼酸杆菌能产生可诱生的β-内酰胺酶，这种诱导型酶系由染色体上一组Amp基因介导的，且在50%枸橼酸杆菌中发现能转移耐药现象 (R+因子)因而产生广泛的耐药率。不仅对第一代头孢菌素耐药，而且对第叁代头孢菌素也有耐药现象。如对头孢曲松(头孢叁嗪)、头孢哌酮和头孢他啶(头孢噻甲羧肟)的耐药率分别为36%，41%和37%。但现认为第叁代头孢菌素和喹诺酮类抗菌药物，对枸橼酸杆菌仍有较强的抗菌活性。临床研究发现不同的枸橼酸杆菌种、株对抗生素的敏感性差异大。因此，抗生素应用应以药敏为依据，选用第叁代头孢菌素或喹诺酮类抗菌药物。在药敏前，经验性治疗可用阿米卡星(丁胺卡那霉素)联合一种第叁代头孢菌素或喹诺酮类抗菌药物。
在应用抗生素时应注意下列几点：
(1)用抗生素前送血、痰等作细菌培养及药敏试验，并询问过去有无应用抗生素，种类、剂量、用药方法及疗效，以便考虑有无耐药菌株。
(2)应定期查细菌及药敏，据药敏结果及疗效反应调整抗生素，对尚无药敏结果者可用阿米卡星联用一种第叁代头孢菌素或喹诺酮类抗生素。
(3)应遵循早期、足量、静脉用药及足够疗程的原则，对危重病人宜二联联合用药，对伴有菌血症的枸橼酸杆菌肺炎宜用4～6周。但要注意肝肾功能。
(4)对伴有中性粒细胞减少的病人，宜用哌拉西林/叁唑巴坦合并阿米卡星(丁胺卡那霉素)，或拉氧头孢(羟羧氧酰胺菌素)或用亚胺培南(伊米匹能)治疗。
2.促进排痰纠正缺氧
保护心、肾、肝及脑功能对于枸橼酸杆菌肺炎应鼓励病人咳嗽、排痰，对痰黏稠者可在补充水分同时雾化吸入排痰，应用支气管扩张药，祛痰药，以保持呼吸道通畅。吸氧纠正低氧血症，防治心、肾、肝及脑功能衰竭的发生。
3.加强原发病、并发症及营养支持治疗
枸橼酸杆菌肺炎伴有原发病及并发症要有积极治疗，并补充足够营养，对严重病人可适当给输新鲜血浆、人血白蛋白、人血丙种球蛋白(丙种球蛋白)，对粒细胞减少者可补给人血白细胞。并加强护理，防止交叉感染。